T.C. Ulaştırma ve Altyapı Bakanlığı tarafından deniz çevresinin korunması ve deniz canlı kaynaklarına yönelik faaliyetlerin seyir rotaları üzerindeki etkisinin gözetilebileceği değerlendirilmektedir. Bu kapsamda deniz alanlarında kurulması planlanan tesislerin yerel ve uluslararası deniz trafiğine, yakınlarında bulunan diğer tesislere ve kıyı tesislerine (liman, iskele, mendirek, otel vb.) olan mesafesi gibi seyir emniyeti ile deniz trafiğine etki edecek kriterlere göre değerlendirildiği ve değerlendirme sonucunda, seyir emniyeti ile denizde can ve mal emniyetine olumsuz etkisi bulunmayacağı anlaşılan tesislere uygunluk görüşünün verilmektedir. Bununla birlikte, Bakanlık tarafından söz konusu uygunluk görüşü verilirken aranan şartlardan birisinin de ileride deniz trafiğinin değişmesi ve izin verilen tesisin seyre engel teşkil etmesi durumunda tesis sahibinin/işleteninin herhangi bir itiraza mahal vermeden tesisini uygun bir yere taşıyacağına dair taahhütte bulunması gerekmektedir.

T.C. Kültür ve Turizm Bakanlığı, balıkçılık faaliyetleri esnasında batıkların ve resiflerin zarar görmemesi için gerekli tedbirleri almaya yetkilidir. Ayrıca gelecekte deniz üstü ve altı enerji santrallerinin kurulması söz konusu olduğunda, bu santrallerin su altında korunması gereken kültürel varlıklara (batıklar gibi) ve tabiat varlıklarına (doğal resifler gibi) zarar vermeyecek mesafelerde konumlandırılmalıdır. Diğer kurumların denizlerdeki faaliyetleri (enerji, balıkçılık, ticaret, çevre vs.) ile Kültür ve Turizm Bakanlığının faaliyetlerinin çakışması/çatışması durumunda, 2863 sayılı Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kanunu tarihi değerlerin koruması adına yürürlüğe konulmuş özel bir kanun olduğundan, yukarıda değinilen mevzuat hükümleri kapsamında T.C. Kültür ve Turizm Bakanlığının görüşünün alınması gerekmektedir.

T.C. Tarım ve Orman Bakanlığı altında yürütülen faaliyetler bakımından da sektörel çakışmalar karşılaşmak mümkündür. Kıyı boyunca iskelelerin ve depolama tesislerinin düzenlenmesi 3621 sayılı Kıyı Kanunu kapsamında yürütülmektedir. Kanunun 6. maddesi ve uygulama yönetmeliğinin 13. maddesine göre, bu tür yapıların inşası imar planı gerektirmektedir ve bu nedenle imar planı olmaksızın izin verilmesi mümkün değildir. Ayrıca kıyı arazilerinin Özel Çevre Koruma Bölgesi, Sit Alanı, Milli Park, Orman Arazisi veya Vakıf Arazisi olarak sınıflandırılması nedeniyle iskele ve depolama tesislerinin inşasına ilişkin ilgili bakanlıklardan onay alma sürecinde hukuki zorluklar ortaya çıkmaktadır. Bununla birlikte, su ürünleri üretimindeki yıllık artış, yeni ve potansiyel yetiştiricilik üretim alanlarının belirlenmesine yönelik çalışmaların artmasına neden olmuştur. Bu kapsamda 1380 sayılı Su Ürünleri Kanunu uyarınca, potansiyel su ürünleri üretim bölgeleri belirlenirken T.C. Kültür ve Turizm Bakanlığı’nın onayının alınması gerekmektedir.

Aynı alanda birden fazla denizcilik faaliyetinin bulunduğu ve/veya bakanlıkların faaliyetlerinin çakıştığı durumlarda nihai kararın, stratejik öncelikler dikkate alınarak, T.C. Cumhurbaşkanlığı koordinasyonunda ilgili bakanlık, kurum ve kuruluşlar tarafından ortak bir şekilde alınabileceği değerlendirilmektedir.